数控五轴转台高度差测量需要使用高精度的测量工具，例如三坐标测量仪或高度计等。一般情况下，测量过程如下：

1. 将测量工具放在五轴转台的工作台面上，调整工具位置并记录下来。

2. 将测量工具移到五轴转台的另一个工作台面上，调整工具位置并记录下来。

3. 计算两次测量值的高度差，即可得到五轴转台的高度差。

       需要注意的是，在测量过程中需要确保测量工具的精度和稳定性，并且尽可能地减小测量误差。